我和计算中心
北京大学生命科学学院教授 罗静初

 

1965年9月,我考入北大生物系,70年3月毕业留校,至今已在北大学习、工作48年,虽然从没离开过当年的生物系和现在的生科院,却压根未做过一个生物学实验,而是一开始就迷上了计算机,也因此与北大计算中心结下了不解之缘。

第一次知道北大有个计算中心,还是在“十年文革”中。那时我在北大制药厂从事仪表自动化工作。听说北大自己研制了一台计算机,时任药厂总支副书记的陈濂生派我去学习,看能否用到生产实际中。记得那是1974年,那台计算机放在北阁。我们几十个由各单位选派的学员,从磁带穿孔学起,什么二进制、ASCII码,对于我们来说全是新名词、新概念。尽管当时并没有真正搞明白计算机到底能否用到生产实际中,却也为我日后从事计算机在生物学中的应用,以及后来的生物信息学研究和教学打下了基础。

70年代末,校办制药厂关闭,我回到生物系,上了两年“回炉班”后,开始从事教学科研。80年代初,在生物物理教研室刘克球主持下,与空军第四研究所于立身等合作,开展眼振信号数据分析研究,用的是一套世界银行贷款购置的微型机。上下两个机箱,足有四五十斤,两个容量各为1M的十寸软盘驱动器,一个存放操作系统,另一个存放用户数据。这在当时算是相当先进,足以让校内外好多人眼红。利用这台微机自带的BASIC语言,计算中心曾为10位准备赴美深造的CUSPEA学子开设了BASIC语言程序设计课程。不久,听说计算中心进口了一台Honeywell大型计算机DPS-8,可供60多个用户同时上机,我就赶紧参加了培训班。记得黄达武是主讲老师,童建昌是系统管理员。黄老师的课讲得井井有条。童老师对计算机系统十分熟悉。老黄和我都是赶文革前“末班车”上的北大,那会儿他还不到四十,能把上百人的大课讲好,肯定下了不少功夫。老童高度近视,镜片比啤酒瓶底还厚。他调程序时一丝不苟,鼻子尖都快碰到荧光屏的模样,至今仍历历在目。

80年代中后期,微机开始普及,为满足协和医科大学预科班学生学习计算机基础的需要,生物系主管教学的副系主任林锦湖与协和商量,购置了6台Apple II微型机,为30位协和预科班同学轮班提供上机实习,也为生物系30多位硕士研究生开设了BASIC语言课程,而生物系100多位本科生就没有这个“福分”了。80年代末、90年代初,北大计算中心建立了微机室,我们为生物系本科生开设的FORTRAN语言程序设计终于有了上机条件。记得有一个机房是利用红二楼(即才斋)大屋顶的顶棚改建的。生物学不少学生对上机饶有兴趣。有位名叫陈越的学生,编的程序相当专业,后来成了生物信息学博士,现在美国印第安那大学任教。90年代,我们先后为生物系本科生开设了C语言程序设计、计算机基础等课程,计算中心微机室为我们提供了很好的上机条件,刘方炎、丁万东,以及值班室的好几位老师,都成了我熟悉的朋友。

90年代初,计算机网络开始普及,我们所在的生命科学中心是最早一批接入Internet的单位,计算中心刘贺湘、张立云等几位老师亲自动手铺设网络。1994年,CUSBEA项目发起人、美国Cornell大学吴瑞教授来访。同来的还有吴先生的女婿Lewis Clark。Lewis是计算机专业博士,刚刚开发了基于Macintosh的远程视频系统CU-SeeMe。他从美国带来了硬件、软件,希望到北大进行远程测试。当时北大网络刚投入使用,对带宽要求很高的视频信号能否在中美两地之间进行远程传输,尚无经验。得知这一消息后,计算中心主任张兴华、副主任黄达武指定专业人员,从网络配置、设备调试等各方面给予了大力支持,终于成功实现了中美两地的远程视频会议。

1997年,在生命科学学院已故教授顾孝诚老师的倡导下,我们成立了北京大学生物信息中心CBI,并加入了欧洲分子生物学网络组织EMBnet,成为该组织的中国节点。EMBnet的主要宗旨,是通过计算机网络,为欧洲及世界各国的生命科学研究和生物技术开发提供生物信息资源服务和人才培训。显而易见,计算机硬件和计算机网络,是提供信息资源服务的基础。CBI成立之初,尚未申请到国家经费,难以购置昂贵的计算机服务器。顾老师带着我,去找计算中心主任张兴华。老张看到顾老师虽已退休,却为此事亲自奔波,深为感动,二话没说,就把中心刚刚购置的一台性能最好、存储量最大的SUN 3500服务器调给我们,专门用作生物信息资源服务,还特意安排李笑难、滕晓玲两位工程师负责该服务器的系统管理和软件安装工作。之后不久,在张老师的鼓励下,计算中心李兵工程师决定攻读生物信息学在职硕士,成为了我的第一个生物信息学硕士研究生。

利用计算中心提供的服务器和网路系统,我们安装了欧洲生物信息研究所文件服务器的镜像和数据库检索系统SRS,开始为国内外用户提供免费的生物信息资源服务。1998年4月,我们邀请5位EMBnet专家,来北大举办生物信息讲习班,计算中心为我们免费提供了机房和计算机设备。当年10月,在英国剑桥基因组园区召开的EMBnet 10周年庆祝大会上,时任EMBnet主席的Peter Rice,特意播放了这次培训班的录像。1999年4月的那次讲习班,邀请了10位国外专家来做专题报告,听课的国内外科研人员200多人,包括多位院士。中心主任老张特意帮我们请来了教育网学术委员会主任李星。李星在会上发言,对我们从事的生物信息资源服务,给予了充分的肯定和极大的支持。也正是在李星、老张等教育网领导和技术人员的支持下,10多年来,北京大学生物信息中心为国内高校和其它科研单位提供了无偿的生物信息资源服务。这次讲习班除报告会外,还举办了为期一周的上机实习培训,老张特意为我们安排了红二楼刚建成不久的微机室做培训教室。培训班上,Peter Rice演示了他刚编写的EMBOSS软件包第一个程序seqret。EMBOSS软件包是EMBnet主持开发的大型生物信息软件包。在以后召开的国际生物信息学大会上,Peter曾多次提到,EMBOSS是在风景秀丽的北京大学校园里那古色古香的大屋顶下诞生的。年过花甲的郝柏林院士也全程参加了上机培训,和当时准备保研的一位北大本科生分在一个小组,学习SRS数据库检索、BLAST序列相似性搜索等常用生物信息软件。每天郝先生总是第一个到,最后一个离开。就在参加这次讲习班后不久,郝先生撰写了“建议尽快组建国家生物医学信息中心”的院士建议。

本世纪初,随着人力基因组计划的进行,生物信息技术发展迅速。在国家教育科研网的支持下,北京大学生物信息中心成了国内最大的生物信息资源和培训中心。而作为教育网华北地区主节点的北京大学计算中心,成了我们最可靠的人员、网络、设备和技术支撑。李笑难、滕晓玲、孙爱东、樊春等,先后和我们一起申请了863、科技部、教育部等生物信息研究和开发课题,而我们也参加了马皓等主持的IPv6、网络资源应用等课题。崔建、尚群等网络室的几位工程师,成了我们网络畅通无阻的坚强后盾。利用863“国家生物信息基地建设”项目经费,我们购置了SUN 4800高性能服务器,委托计算中心孙爱东老师管理。

2000年,我应邀参加在日本筑波举行的亚太地区网络组织大会,和张蓓同行,闲谈之中,得知她虽然年轻,却颇有管理经验。2001年,她就任计算中心副主任,2008年任中心主任,真是后生可畏。计算中心主持的“网络信息资源建设”课题中,我们承担了第一子课题“分子生物信息资源”。2004年,我和陈萍等一起去上海参加教育网学术大会,会议没结束,就接到张蓓电话,通知我到北京参加“网络信息资源建设”课题汇报会,随即从机场直接赶往会场,向来自全国各地的与会代表汇报我们在生物信息资源建设方面的成果。

2000年以来,我一直为全校生物专业的研究生开设“实用生物信息技术”课程。这门课程以上机为主,而计算中心微机室就是这门课的支撑,我也因此和微机室主任丁万东成了好朋友。因为我比他长几岁,习惯称他“小丁”。后来得知,他曾先后兼任计算中心党支部书记、工会主席等职,工作十分繁忙。即使是周末,也经常能在中心见到他的身影。每次找他安排上机时间,他总是热情接待,认真安排。不论他多忙、多累,总是乐乐呵呵,从没流露一点不耐烦的表情。

作为国家教育科研网华北地区主节点,北京大学计算中心为计算机网络建设做出了巨大贡献,为理科、文科各专业利用计算机网络开展研究提供了保证。2000年2月2日,新千年第一个春节前的两天,在计算中心多位领导和员工的努力下,距北大主校区10多里的燕北园1000多位教职工家里实现了光纤联网。当时,我家住燕北园317楼,也从此告别电话拨号的上网方式。恰逢新春佳节前夕,兴奋之情,难以言表。当时发电子邮件向世界各地的同事、朋友、学生发布这一消息。没想到当即收到在美国科学院工作的一位朋友回信,他说“非常羡慕,他回家后若要上网办公,还得通过电话拨号”。一位在英国读书的学生也发来邮件,特意告诉我这是一个值得庆贺的日子,也是一个千载难逢的特殊日子。后来才明白这个日子的“特殊”之处。从公元888年8月28日以来,所有日期的数字中,至少有一个奇数,而恰恰就是这个日子,所有的数字都是偶数,即20000202。尽管这只是一个偶然的巧合,却也从某种程度上反映了网络时代的到来,而北大计算中心为网络时代在北大的率先到来,发挥了不可磨灭的作用。

2003年4月,SARS流行,北大校园也变得冷冷清清。我们建立了抗SARS网站,为国内外研究人员提供数据和信息资源。当时我们的实验室在交流中心会议大厅楼上,房间没有窗户,无法自然通风。而几位留守学校的研究生,坚持要到实验室工作。正在为难之际,得知计算中心刚刚开通校园无线网络,我们为留守学生配备了笔记本,解决了不进实验室,也能在阳台上利用无线网络进行抗SARS的生物信息学研究。

北京大学计算中心已经走过了50年的光辉历程。最近,路上遇到张兴华老主任,他正忙着去开会。记得他前几年常跟我说,看到顾老师这么大年纪了还在努力工作,自己想退也不好意思退了。其实,老张自己也正是这样,70多岁了,依然东奔西跑,为国家教育科研网、为计算中心建设出谋划策。写到这里,想起了EMBOSS的另一位主要开发者Alan Bleasby说过的一句话:“I don’t think we can get a Nobel Prize by what we are doing, but the Nobel Prize winners know what we are doing for. So, I’ll go to my death with a smile”。我想,正是有了老张、老黄、小丁、小张等计算中心几代人50年来的不断努力和无私奉献,北大才能在计算机应用领域做出创新性的工作,才能保证计算机教学的顺利进行。

 

                                                         罗静初  2013年5月4日 燕园